Alex Rins è stato il più veloce nella seconda sessione di prove libere del Gran Premio della Malesia. Lo spagnolo della Suzuki si è piazzato davanti a tutti fermando il cronometro 1'59"608 mentre in seconda posizione, staccato di 90 millesimi, c'è Marquez che ha cambiato passo rispetto alla prestazione della prima sessione che lo ha visto chiudere in decima posizione. In mattinata il campione del mondo in carica non ha montato la gomma nuova mentre nel pomeriggio si è reso protagonista di uno dei suoi classici salvataggi oltre le leggi della fisica.
Ottima seconda sessione per le Ducati Pramac che con Miller che ha chiuso in terza posizione mentre Petrucci si è piazzato al quinto posto con un ritardo dalla vetta pari a due decimi. Passi in avanti per la Yamaha con Vinales che, dopo aver trionfato in Australia, ha chiuso in quarta posizione mentre Valentino Rossi si è dovuto accontentare della sesta piazza con quattro decimi di ritardo nei confronti della Suzuki. Quarto posto nella combinata del venerdì per il Dottore mentre Andrea Dovizioso ha chiuso la sessione pomeridiana in settima posizione ma ha svolto un importante lavoro sul passo gara.
Seconda posizione nella classifica cumulativa per il pilota forlivese della Ducati mentre Lorenzo continua ad avere delle grandi difficoltà come dimostrato dal ventiquattresimo posto in classifica. Lo spagnolo sente ancora dolore alla caviglia e non è affatto escluso che possa alzare bandiera bianca anche per l'appuntamento malese. A chiudere la top-10 della seconda sessione di prove libere ci sono Zarco, Iannone e Pedrosa con l'abruzzese della Suzuki che ha accumulato un distacco di nove decimi nei confronti del compagno di squadra.