Alex Marquez lo aveva messo in chiaro sin dalle prime libere, chi voleva partire al palo in Qatar, avrebbe dovuto superare lo spagnolo, che con un giro eccezionale sigla la prima pole position della stagione 2018, fermando il cronometro sul tempo di 2'00'299, dopo aver ritoccato più volte il miglior tempo nel corso della sessione, fino a sfiorare il muro dei 2'. Nonostante lo strapotere del fratello minore di Marc Marquez, gli italiani rispondono e piazzano Lorenzo Baldassarri e Francesco Baganaia in prima fila. Il centauro del Pons HP40 è secondo, a tre decimi, mentre il futuro rider della Pramac Racing porta la Kalex dello Sky Racing Team al terzo posto, in 2'00''843, conquistato nonostante una gomma extra-hard, che nessuno si aspettava.
La seconda fila è un mix di sorprese, con Miguel Oliveira che paga oltre 5 decimi e non riesce a portare la sua KTM oltre la quarta posizione, davanti al sorprendente Romano Fenati, che alla prima qualifica della sua carriera in Moto2 fa un bel numero e conquista la quinta posizione, con soli 53/1000 di ritardo dal portoghese e davanti ad un'altra sorpresa come Danny Kent.
Settima posizione e terza fila per Jorge Navarro, che nonostante un inizio davvero ottimo paga 7 decimi al miglior riferimento. Mattia Pasini è ottavo a 763/1000 in 2'01"062, davanti al tedesco Schrotter, mentre la Top10 è chiusa dal rientrante Sam Lowes, che dopo un anno in MotoGp ha deciso di ripartire dalla classe di mezzo.
Undicesimo Xavi Vierge, mentre Brad Binder è 13°, davanti a Simone Corsi, che nonostante non sia riuscito a risolvere i problemi di aderenza al posteriore, sigla il suo miglior giro in 2'01.351, davanti a Lecuona. Male Luca Marini, che non trova mai il giro perfetto ed è soltanto 17°, davanti ad Isaac Vinales e Hector Barbera, mentre l'iridato Moto3 Joan Mir è 24°, preceduto anche da Andrea Locatelli. Tra gli altri azzurri, Manzi è 28°, Fuligni è 31° davanti al solo Khairuddin.