Alex Marquez vince autorevolmente nel diluvio giapponese e rilancia le sue ambizioni in ottica 2018. Il fratello minore di Marc, si rende protagonista di una gara ottima a Motegi, dove controlla nei primi giri e poi attacca, involandosi verso il successo, il terzo stagionale in Moto2. La festa del team galiziano si allarga con Franco Morbidelli, in difficoltà durante il week-end, ma capace di guadagnare altri punti al rivale Thomas Lüthi, solo 11° al traguardo e ora distante 24 punti.

In una gara ridotta a soli 15 giri, a causa delle condizioni estreme, Marquez è il più abile. Nella prima parte gestisce la furia giapponese rappresentata da Takaaki Nakagami e poi, a 5 giri dalla fine, lo infila alla curva 11 e si invola verso il successo. Negli ultimi giri il centauro del team E.G. Marc VDS non prende il minimo rischio, a dimostrazione della maturità raggiunta, che lo lancia in ottica 2018, dove vorrà, finalmente, vincere l'ambito titolo della classe di mezzo. Anche perché, per questa stagione, il catalano deve mettere da parte i suoi sogni iridati, poiché con l'8° posto, Morbidelli, mantiene 76 punti di vantaggio sul compagno di team, quando a fine mondiale mancano 3 gare e 75 punti.

La pioggia ribalta le gerarchie e regala colpi di scena in continuazione, tant'è che il podio è quasi inedito, con Marquez trionfatore assoluto davanti ad un sorprendente Xavi Vierge, capace di reggere ai colpi di un intraprendente Hafizh Syahrin, pilota che si esalta con la pista allagata. Il portacolori del team Tech3 regge alla grande sulla distanza e porta a casa il primo podio in stagione, davanti al malese, velocissimo nella seconda metà di gara, che nulla può contro la resistenza dello spagnolo. Per il malese, arriva almeno la soddisfazione del secondo podio stagionale, dopo quello di Misano, dove chiuse 3°, sempre in condizioni estreme. Duello tutto italiano per il 4° posto, con Pecco Bagnaia che la spunta su Mattia Pasini, che scattato dalla quarta casella della griglia non è riuscito a reggere il passo dei primi, nonostante le sue abilità sul bagnato. Il centauro dello Sky Racing Team, invece, si mostra, ancora una volta, tra i più in palla con l'asfalto bagnato e infatti rimonta dal 12° posto in griglia, fino al 4°, conquistato all'ultimo giro, grazie ad un doppio sorpasso su Pasini, prima, e Nakagami, poi. Proprio il giapponese chiude alle spalle dei due italiani, a causa di un decadimento repentino delle prestazioni della sua Kalex, che lo costringono a cedere dalla prima alla sesta piazza. Settimo Miguel Oliveira, seguito proprio da Morbidelli e da Dominique Aegerter, 9° davanti ad un eccezionale Lorenzo Baldassarri, che rimonta dalla trentesima posizione e chiude davanti a Thomas Luthi, 11° e mai in gioco realmente per la gara. Non brillano particolarmente gli altri italiani, con Simone Corsi soltanto 21°, mentre Manzi è 26°, davanti ad Edgar Pons e Jorge Navarro, che chiudono l'ordine d'arrivo. Out, invece, Luca Marini e Andrea Locatelli.

In ottica iridata, quando mancano tre gare alla fine e un massimale di 75 punti, la lotta si riduce ai due protagonisti principali di questo mondiale, con Franco Morbidelli che conduce dall'alto dei suoi 256 punti, ma deve prestare sempre attenzione allo svizzero Luthi, mai domo e pronto a non mollare un centimetro fino all'ultimo assalto. Si fa interessante il duello per il terzo posto, con Marquez che supera Oliveira e con Bagnaia e Pasini ad inseguire, tutti racchiusi in 45 punti, con Nakagami 7° con 127 punti. Grazie al podio di Motegi, Syahrin conquista la Top10, proprio davanti a Vierge, 11°. Tra gli italiani, Corsi è 9°, Marini 13° e Baldassarri 14°.