Dopo un turno mattutino segnato dalla pioggia, anche le qualifiche della MotoGP si svolgono su un asfalto bagnato dall'acqua caduta nei minuti antecedenti l'avvio delle FP4, dopo il pallido sole che aveva fatto capolino sul terminare delle qualifiche di Moto3.
Nelle primo turno di qualifiche Sam Lowes prova a far vedere ai vertici di Noale che il talento è ancora presente e che piano piano si sta avvicinando alla propria moto, ma il suo primato è ben presto intaccato dalla prestazione di Scott Redding, che sul bagnato va a nozze. Lowes, dunque, per la prima volta entra nel Q2 e batte il proprio compagno di squadra in una qualifica, estromettendo Jack Miller per pochi millesimi. Deludono Iannone e, soprattutto, Lorenzo che continua a non trovare il feeling sull'acqua con la sua Ducati.
Nella Q2 è subito Danilo Petrucci a fare la voce grossa, mentre le altre Desmosedici di Dovizioso e Redding scivolano via a causa della perdita dell'anteriore. La pista si va mano a mano asciugandosi e con l'asfalto che perde un po' d'acqua splende Marc Marquez che fa segnare un ottimo 1:46.847 togliendo momentaneamente il primato al pilota umbro che se lo riprende poco dopo abbassando il tempo del campione del mondo di tre decimi. Negli ultimi secondi però succede di tutto. Il fenomeno di Cervera non ci sta e toglie altri decimi al tempo di Petrucci, ma il capolavoro lo compie uno splendido Johann Zarco che stampa un fenomenale 1:46.141 assicurandosi la prima pole position in MotoGP della sua carriera. Rossi prova a portare la Yamaha ufficiale in prima fila, ma il suo ultimo giro non è al livello dei primi tre e si deve quindi accontentare della quarta posizione e della seconda fila. Non riescono, invece, a trovare la quadra Maverick Vinales e Daniel Pedrosa, rispettivamente undicesimo e dodicesimo, mentre Dovizioso strappa la nona posizione all'ultimo secondo, in un turno di qualifiche contraddistinto, in negativo, dalla caduta ad inizio sessione,.