Taka Nakagami spezza un sortilegio che lo aveva visto arrivare quattro volte secondo in questa stagione, e vince il Mosul TT Assen 2016, classe Moto 2. Il centauro giapponese del Team Honda Idemitsu Asia precede uno Johan Zarco capace di rimontare dopo un inizio di corsa un po' complicato, mentre a completare il podio ci pensa il nostro Franco Morbidelli, che in una fase del Gran Premio aveva anche sognato di vincere. Corsa interrotta ad un giro e mezzo dalla fine, visto che stava iniziando a cadere un po' di pioggia sul glorioso tracciato olandese.

L'inizio di gara vede un Morbidelli subito aggressivo, tanto che la prima posizione è la sua dopo poche curve. Il gruppo si sgrana mentre l'azzurro cerca addirittura la fuga, mentre Luthi viene insidiato anche da Nakagami e Aegerter, mentre Baldassarri prova a riavvicinarsi al quartetto di testa. Mentre il giapponese riesce ad infilare lo svizzero per evitare la fuga del leader della gara, avviene anche il ricongiungimento di Lowes, Zarco e Rins nel gruppetto che sembra potersi giocare il podio. Il terzetto di testa vede qualche modifica nella fascia centrale della gara, con Morbidelli e Nakagami che si alternano in testa, ma nel frattempo arriva la netta rimonta di Zarco, che si porta in quarta posizione e si porta dietro i compagni di brigata andando a comporre un gruppone di dieci corridori tutti in fila indiana. Il francese è però più veloce sia dei tre che stanno davanti, che di quello che lo inseguono, tanto da agganciare il terzetto e portarsi virtualmente sul podio esattamente a metà gara.

Nakagami prova a dare lo strappo decisivo e accelera, mentre Luthi sente il fiato sul collo di Zarco, ma entrambi vengono infilati da Morbidelli che si riporta in seconda posizione. Un gioco di sorpassi e controsorpassi che giova certamente al giapponese, il quale riesce ad allungare portandosi con 2 secondi di vantaggio. Nessun riesce a rintuzzare il tentativo di fuga del pilota del team Honda Idemitsu, mentre da dietro rientra Baldassarrri che sorpassa il svizzero, il quale effettuerà un errore qualche curva più avanti e si allontanerà da chi si gioca il podio. Luthi che a sei giri dal termine saluta definitivamente la gara, mentre la bagarre tra Baldassarri e Lowes vede il britannico commettere un altro errore. Passa un altro giro, Zarco sembra riuscire ad avvicinarsi a Nakagami mentre scende qualche goccia di pioggia che, però, non sembra portare ad interruzioni della corsa. Lowes torna davanti a Baldassarri e si prende la quarta posizione alle spalle di un Morbidelli che corre in modalità safe. Il leader del Gran Premio vede avvicinarsi sensibilmente il francese, e a un giro dal termine la giuria lo aiuta, sventolando la bandiera rossa per via delle gocce di pioggia sempre più insistenti sul tracciato di Assen. Morbidelli chiude il podio, con Lowes che precede Baldassarri e Rins.