Le condizioni della pista poco prima dell'inizio della gara della MotoGP sono particolari, perché in alcuni tratti è bagnata, mentre in altri sembra si stia asciugando presto: è in questo contesto che i piloti della categoria regina sono chiamati a sfidarsi. La vittoria di oggi va a Dani Pedrosa, autore di una splendida rimonta che gli ha permesso di piazzarsi davanti a tutti e di raccogliere il primo successo stagionale. Può sorridere anche Valentino Rossi, secondo al traguardo ma che porta il vantaggio in classifica iridata a +18 su Jorge Lorenzo, in testa fino ad una decina di giri dalla fine e terzo poi a causa del degrado delle gomme che non gli ha permesso di lottare fino all'ultimo. Incolore la gara del campione del mondo in carica Marc Márquez, quarto davanti ad Andrea Dovizioso.

Momento di incomprensione prima della gara, con Miller e Laverty che si scambiano le posizioni in griglia, ma dopo di questo è tutto pronto per la partenza del Gran Premio. Si spegne il semaforo: scattano benissimo entrambi i piloti Yamaha, con Rossi in testa superato poco dopo da Lorenzo, mentre è terzo Dovizioso davanti a Pedrosa e Iannone. Non una bella partenza per Márquez, che si trova dopo poche curve in sesta posizione. Si accende il duello per la quinta posizione tra lo spagnolo ed il numero 29, con anche Aleix Espargaró che ha recuperato sulla coppia e si unisce alla battaglia, ma i catalani hanno entrambi la meglio sul pilota italiano. Poco dopo lo spagnolo di Suzuki è protagonista di un errore che gli fa perdere parecchie posizioni, ritrovandosi diciottesimo. Le posizioni sembrano quasi cristallizzate fino a circa 14 giri dalla fine, quando Rossi sembra recuperare qualcosa su Lorenzo, mentre Pedrosa guadagna terreno su Dovizioso e riesce ad avere la meglio sull'italiano prendendosi la terza posizione. Iannone intanto è costretto al ritiro a causa di un problema tecnico sulla sua moto, mentre la rimonta di Pedrosa non si esaurisce, perché comincia a guadagnare costantemente su Rossi fino a portarglisi vicinissimo. Poco dopo Viñales è protagonista di una caduta che lo costringe al ritiro. È inarrestabile il pilota della Honda: dopo aver superato Rossi ha cancellato i tre secondi che lo separavano da Lorenzo superando il maiorchino a sette giri dalla fine. Ma la gara non è finita, perché anche il leader iridato ha ricucito il distacco dal compagno di squadra lasciando intravvedere un duello diretto tutto in casa Yamaha che una volta di più vale punti preziosi in ottica iridata. A cinque giri dalla fine Lorenzo è protagonista di un errore in una curva, cosa che permette a Rossi di superarlo guadagnando la seconda posizione. Si accende intanto la battaglia per la quarta posizione, con Márquez che ha recuperato su Dovizioso superandolo poco dopo e mantenendosi davanti all'italiano. All'ultimo giro si chiude la gara di Pol Espargaró, che finisce a terra quando si stava mantenendo in top ten.

È Dani Pedrosa a conquista la vittoria sulla pista di Motegi, imponendo un passo gara importante che gli ha permesso di avere la meglio su entrambe le Yamaha. Sorride Valentino Rossi, che con questo secondo posto aumenta il suo vantaggio in classifica iridata su Jorge Lorenzo, che conclude questa gara in terza posizione. Quarto è Marc Márquez, mai in grado di avvicinarsi ai primi, davanti ad Andrea Dovizioso, che porta a casa un buon quinto posto.

La classifica:

1 25 26 Dani PEDROSA SPA Repsol Honda Team Honda 147.5 46'50.767
2 20 46 Valentino ROSSI ITA Movistar Yamaha MotoGP Yamaha 147.1 +8.573
3 16 99 Jorge LORENZO SPA Movistar Yamaha MotoGP Yamaha 146.9 +12.127
4 13 93 Marc MARQUEZ SPA Repsol Honda Team Honda 146.1 +27.841
5 11 4 Andrea DOVIZIOSO ITA Ducati Team Ducati 145.7 +35.085
6 10 35 Cal CRUTCHLOW GBR LCR Honda Honda 145.6 +37.263
7 9 38 Bradley SMITH GBR Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 145.6 +37.667
8 8 21 Katsuyuki NAKASUGA JPN Yamaha Factory Racing Team Yamaha 145.2 +44.654
9 7 8 Hector BARBERA SPA Avintia Racing Ducati 145.0 +48.572
10 6 45 Scott REDDING GBR EG 0,0 Marc VDS Honda 144.9 +50.121
11 5 41 Aleix ESPARGARO SPA Team SUZUKI ECSTAR Suzuki 144.4 +1'00.535
12 4 72 Takumi TAKAHASHI JPN Team HRC with Nissin Honda 144.4 +1'01.211
13 3 69 Nicky HAYDEN USA Aspar MotoGP Team Honda 143.9 +1'11.261
14 2 68 Yonny HERNANDEZ COL Octo Pramac Racing Ducati 143.7 +1'13.896
15 1 63 Mike DI MEGLIO FRA Avintia Racing Ducati 143.7 +1'15.421
16 19 Alvaro BAUTISTA SPA Aprilia Racing Team Gresini Aprilia 143.4 +1'20.507
17 50 Eugene LAVERTY IRL Aspar MotoGP Team Honda 142.9 +1'31.224
18 6 Stefan BRADL GER Aprilia Racing Team Gresini Aprilia 142.1 +1'46.833
19 64 Kousuke AKIYOSHI JPN AB Motoracing Honda 141.5 +2'00.072
20 24 Toni ELIAS SPA Forward Racing Yamaha Forward 139.1 1 Lap
Non classificato
44 Pol ESPARGARO SPA Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 144.9 2 Laps
43 Jack MILLER AUS LCR Honda Honda 144.0 8 Laps
25 Maverick VIÑALES SPA Team SUZUKI ECSTAR Suzuki 145.9 11 Laps
76 Loris BAZ FRA Forward Racing Yamaha Forward 139.5 11 Laps
29 Andrea IANNONE ITA Ducati Team Ducati 146.1 14 Laps
9 Danilo PETRUCCI ITA Octo Pramac Racing Ducati 145.7 16 Laps