Qualche nuvola in cielo ma la gara viene dichiarata asciutta, anche se le temperature sono inferiori rispetto ai primi due giorni. Giornata che vede vincitore un pilota Honda, ma stavolta è Dani Pedrosa ad ottenere il successo, il primo della stagione per lui. Salgono sul podio Jorge Lorenzo, secondo, e Valentino Rossi, terzo, mentre Marc Márquez chiude in quarta posizione, per la prima volta giù dal podio.
Scattano tutti benissimo, ma sono Iannone e Dovizioso a prendere la testa, seguiti da Pedrosa, Marquez, Lorenzo e Rossi, che scavalcano il campione del mondo in questi primi momenti. Poco dopo Lorenzo passa Pedrosa, mentre Marquez passa Rossi ma va largo ed il pilota di Tavullia torna davanti. Lorenzo guadagna la testa della corsa davanti alle Ducati cercando di prendere il largo, mentre anche Pedrosa supera Dovizioso e Iannone provando a non perdere troppo dal maiorchino della Yamaha. Dovizioso però perde altre due posizioni a vantaggio di Rossi e Marquez, mentre Crutchlow cade chiudendo in anticipo la sua gara. Il campione del mondo non rimane molto dietro al pilota Yamaha, superandolo poche curve dopo, mentre Pedrosa recupera costantemente su Lorenzo. Botta e risposta tra Iannone e Marquez, una lotta senza esclusione di colpi, con il catalano che alla fine riesce ad avere la meglio, mentre ne approfitta anche Rossi che supera il connazionale.
A 17 giri dalla fine Pedrosa supera Lorenzo, che però cerca di rimanere attaccato al catalano di Sabadell, mentre Yonny Hernandez torna al box: problemi sulla sua Ducati, è quindi costretto al ritiro. Fuori dai giochi anche Michael Laverty, che chiude la sua gara con una caduta, così come Pol Espargaró, che era in ottava posizione. Marquez sta provando a recuperare su Lorenzo, con Pedrosa che sta spingendo per creare del margine tra sé e gli inseguitori, mentre Bradl, settimo, recupera costantemente terreno sulle Ducati di Iannone e Dovizioso. Il campione del mondo però non riesce a recuperare sul maiorchino, anzi è Rossi dietro di lui ad accorciare le distanze, ricucendo il distacco e scavalcando Marquez, che non riesce a rispondere ed anzi perde terreno. A pochi giri dalla fine Lorenzo comincia a recuperare qualche decimo sul connazionale in testa, provando a ritornare in lotta per la vittoria, mentre Dovizioso e Iannone continuano la loro lotta per la quinta posizione.
Lorenzo cerca fino all’ultimo di recuperare, ma è Dani Pedrosa ad ottenere la vittoria a Brno, la ventiseiesima da quando è in MotoGP, la sua prima stagionale e l’undicesima per la squadra Honda. Seconda e terza posizione per le due Yamaha di Jorge Lorenzo e Valentino Rossi, mentre è per la prima volta giù dal podio Marc Márquez, quarto sul traguardo. In casa Ducati è Andrea Iannone ad avere la meglio, chiudendo al quinto posto davanti ad Andrea Dovizioso.
La classifica:
1. Dani PEDROSA - Repsol Honda Team - Lap 22
2. Jorge LORENZO - Movistar Yamaha MotoGP - +0.410
3. Valentino ROSSI - Movistar Yamaha MotoGP - +5.259
4. Marc MARQUEZ - Repsol Honda Team - +10.454
5. Andrea IANNONE - Pramac Racing - +17.639
6. Andrea DOVIZIOSO - Ducati Team - +17.834
7. Stefan BRADL - LCR Honda MotoGP - +23.819
8. Aleix ESPARGARO - NGM Forward Racing - +29.621
9. Bradley SMITH - Monster Yamaha Tech 3 - +30.364
10. Alvaro BAUTISTA - GO&FUN Honda Gresini - +37.639
La classifica iridata aggiornata:
1. Marc MARQUEZ – Honda - 263
2. Dani PEDROSA – Honda - 186
3. Valentino ROSSI – Yamaha - 173
4. Jorge LORENZO – Yamaha - 137
5. Andrea DOVIZIOSO – Ducati - 118
6. Aleix ESPARGARO - Forward Yamaha - 85
7. Pol ESPARGARO – Yamaha - 78
8. Andrea IANNONE – Ducati - 73
9. Stefan BRADL – Honda - 65
10. Bradley SMITH – Yamaha - 65