Marc Marquez si conferma, oltre che pilota straordinario, anche un mago della gestione del meteo durante le gare. Così arriva per lui una grande vittoria nel Gran Premio di Repubblica Ceca, con una domenica che era iniziata sotto la pioggia in quel di Brno ma che ha poi portato la pista ad asciugarsi abbastanza rapidamente. Bravissimo il campione del mondo in carica, nonchè leader della classifica iridata ad entrare ai box praticamente per primo per salire in sella alla sua Honda con gomme da asciutto, mentre i suoi principali rivali hanno perso tempo in maniera fatale. Secondo in gara è un Dani Pedrosa che è stato anche lui abile calcolatore, seppur meno rispetto al compagno di squadra, mentre al termine di una lotta bellissima a prendersi il terzo gradino del podio è un Maverick Viñales bravissimo a non perdere la testa e soprattutto a limitare i danni in ottica campionato. Quarto è Valentino Rossi, il quale ha avuto il difetto di non entrare in tempo ai box per il cambio moto così come Andrea Dovizioso, che chiude in sesta piazza. Miglior rientro dalle vacanze estive per Marquez, dunque, non poteva verificarsi.

Scatta molto bene come di consueto Marquez, ma sono soprattutto le Ducati a fare una grande partenza con Lorenzo che sfreccia in seconda posizione davanti a Dovizioso. È bagarre tra Rossi e Pedrosa per la posizione ai piedi del podio, ma lo strepitoso avvio di gara del campione del mondo 2015 sfocia con il sorpasso ai danni del leader del Mondiale. Alle spalle del gruppetto di testa si segnala un Viñales un po' in difficoltà ma capace di scrollarsi di dosso gli uomini che lo inseguono prima di infilare Pedrosa - vittima di un paio di passaggi di calo - e portarsi alle spalle del compagno di box. La gomma anteriore morbida montata da Marquez lo induce a non esagerare, così Lorenzo riesce ad allungare e alle sue spalle si porta di gran carriera Rossi che ne passa due ed è secondo. La crisi del campione in carica prosegue, ne approfittano in tanti tra cui Dovizioso e Zarco: l'ingresso ai box è obbligato per montare le slick. Si susseguno poi i cambi moto per montare le gomme asciutte, a farne le spese è Iannone che addirittura cade in pit lane. Il tutto mentre Rossi aggancia Lorenzo e lo passa, con una pista ormai asciutta in cui chi monta le "rain" va sempre più in difficoltà.

Rientrano praticamente tutti tranne Valentino, Zarco e Dovizioso che creano un piccolo gap, mentre dalle retrovie arriva un Marquez che ovviamente va a bomba e recupera tanti secondi. Il tempo dei rientri ai box dei due piloti italiani arriva, ma troppo tardi per riuscire a tenersi indietro chi arriva dalle retrovie. Sia la Yamaha numero 46 che la Ducati del Dovi rientrano ai margini della top ten, mentre sfreccia il ritrovato leader della corsa. Alle sue spalle a sorpresa Aleix Espargaro su Aprilia davanti a Redding e Abraham, bravi a rientrare per primi. Chi va veramente forte è il terzetto composto dal mai domo Pedrosa, dal nostro Petrucci e da Crutchlow, i quali vanno ben presto a superare gli altri componenti del podio. La rimonta di Rossi e Dovizioso prosegue, Lorenzo sprofonda dopo l'inizio promettente, mentre c'è bagarre vera per il gradino più basso del podio: Petrucci riesce a passare Espargaro, poi tocca anche a Crutchlow. Le due Honda sono a distanza di sicurezza, Viñales si accende da par suo e si prende in un batter d'occhio un posto sul podio. Bravo Rossi a non perdersi d'animo, passando il connazionale sulla Ducati clienti e attaccando nel finale Crutchlow, con il sorpasso che arriva a poche curve dalla fine.