Colpo di coda per Nico Rosberg, che per il terzo anno consecutivo ottiene la pole position nel Gran Premio del Giappone a Suzuka. Il pilota della Mercedes, leader della classifica iridata, strappa per 13 millesimi la prima posizione all'acerrimo rivale Lewis Hamilton, autore di una qualifica in discesa. Seconda fila, almeno in base ai tempi delle prove, per le due Ferrari, con Kimi Raikkonen che sarà terzo e Sebastian Vettel che, a causa della penalità ricevuta in Malesia, partirà settimo. Seconda fila, dunque, per Max Verstappen.
Scendono per primi in pista i due della Mercedes con gomma bianca. Rosberg commette un errore ma si piazza davanti a Hamilton sfruttando il "boost", ma una classifica molto compatta non lascia del tutto tranquille le due frecce d'argento, così come le Red Bull di Ricciardo e Verstappen, entrambe mandate in pista con la mescola media. D'altro canto, c'è una Ferrari che vede la possibilità di fare un solo giro in questa Q1, sfrutta il treno supplementare di gomma soft e si piazza con Vettel e Raikkonen davanti al resto della compagnia. In ogni caso, non avvengono scossoni clamorosi, con Massa che riesce a risalire la classifica grazie all'ultimo giro e una serie di exploit tra cui quelli di Gutierrez e Kvyat. Restano invece fuori Jenson Button, Kevin Magnussen, Marcus Ericsson, Felipe Nasr, Esteban Ocon e Pascal Wehrlein. Deadline di qualificazione alla Q2 fissata appena entro un secondo e due decimi.
Sono ancora Rosberg ed Hamilton i primi a scendere in pista in avvio di Q2, ancora una volta con il tedesco che precede il britannico di circa 4 decimi. Intanto inizia già la bagarre per conquistare un posto tra i migliori dieci, con una battaglia a suon di millesimi. Il primo giro di questa manche sorride a Vettel e Raikkonen che si mettono incollati al campione del mondo 2015, staccando in maniera decisa entrambe le Red Bull, con Verstappen davanti a Ricciardo per pochi centesimi. Le rosse, così come le frecce d'argento, si guadagnano la possibilità di non tornare più in pista. Dalla settima posizione in giù è battaglia vera: fortissime le due Haas che si incastrano con le Force India, mentre mancano ancora all'appello le Williams. Bottas e Massa staccano il tempo ma non riescono ad evitare l'eliminazione, rispettivamente undicesimo e dodicesimo. Out anche Daniil Kvyat, Carlos Sainz, Fernando Alonso e Joleon Palmer.
In avvio di Q3 i primi a scendere in pista sono i piloti Red Bull, con Raikkonen in marcatura stretta. Il finlandese precede entrambi i rivali della casa austriaca, ma soprattutto Vettel che si piazza momentaneamente in quarta posizione, mentre Hamilton tira fuori l'orgoglio e stampa un gran primo giro. Primo run in cui scendono in pista solo sei vetture, mentre gli ultimi quattro minuti sono davvero infuocati. Kimi si avvicina tantissimo alle due Mercedes, poi Rosberg sorpassa Hamilton con un gran giro, e soprattutto Seb si porta in quarta posizione, dando un gran distacco a Verstappen e Ricciardo. Completano la top ten le due Force India, con Perez davanti a Hulkenberg, mentre Grosjean partirà davanti a un Gutierrez che, così come il compagno di squadra, non ha girato in Q3.