Dopo la Thailandia, continua il tour asiatico delle due ruote che si spostano in terra giapponese a Motegi. La Moto3 riparte, come una filastrocca, dal duello MB Martin vs Bezzecchi e da un'altra pagina di questa lotta infinita nel paese del Sol Levante. La pole position va alla sorpresa Rodrigo con il tempo di 1:56:894 e si conferma pilota estremamente interessante se continuo. Secondo, il rinato scozzese McPhee, staccato  di soli 75 millesimi. Bezzecchi, terzo, sfiora la pole di soli 120 millesimi, ma si accontenta di piazzare la moto KTM davanti alla Honda del leader del Mondiale Martin, quarto. Ottima prova di Binder con il quinto tempo, sesto e settimo la coppia tutta italiana formata da Bastianini e Foggia, risaliti in ottima posizione di griglia. Masaki, ottavo, infiamma il suo pubblico di casa, nono un ottimo Arenas, mentre decima casella per il nostro Dalla Porta. Dodicesimo posto per Arbolino, quindicesimo un davvero in crisi DiGiannantonio. Malissimo Antonelli, diciasettesimo, e Migno, subito dietro. Caduta continua di Canet, pessimo in Thailandia come in Giappone. Crollano Masia e, inspiegabilmente, il tedesco Oettl. Ma occhio alla gara perché, in Moto3, le qualifiche fanno presto ad essere stravolte e i favoriti non sempre arrivano alla fine della domenica.