Joan Mir non è sazio e dopo il mondiale conquistato una settimana fa a Phillip Island, ottiene anche la prima pole position stagionale, con la quale si assicura la partenza al palo nel Gp della Malesia e abbassa il record sul giro di Sepang, con il crono di 2'12.078. Il suo capolavoro non basta per scendere sotto il muro dei 2'12, ma è sufficiente per mettere tutti in riga e per detronizzare Jack Miller, vecchio recordman del circuito. 

Non può nulla quello che è il primo per pole position in questa stagione, ovvero Jorge Martin, che non può far altro che guardare da lontano Mir, il distacco sfiora i 4 decimi ed il suo miglior tempo è di 2'12.457. Completa la prima fila il britannico John McPhee, che si accomoda a 738/1000 dall'inarrivabile Mir. 

La seconda fila è aperta dall'olandese Bo Bendsneyder, che copre l'impegnativo tracciato malese in 2'13.161, che serve a tenersi dietro Gabriel Rodrigo, beffato per 4/1000, con il miglior personale di 2'13.165. 6° crono e seconda fila per il sorprendente Jules Danilo, del Team Marinelli Rivacold Snipers, che si prende la seconda fila in 2'13.309. Sfortunatamente, il portacolori del team italiano deve cedere delle posizioni a causa di una penalità e così, dalla seconda fila, partirà l'autore del 7° tempo, ovvero Livio Loi, che chiude in 2'13.311. 

Segue il poker italiano aperto da Romano Fenati, che sigla l'ottavo crono di giornata in 2'13.363, grazie al quale precede di 11/1000 Enea Bastianini, seguito da Niccolò Antonelli che chiuderà la terza fila, con il personale di 2'13.419. La Top10 è ultimata dal rider del team Del Conca Gresini Fabio Di Giannantonio, che anticipa Aron Canet, con il crono di 2'13.440. 

Canet, 12°, è seguito dai nipponici Tatsuki Suzuki e Ayumu Sasaki, che regola Norrodin e il portacolori del VR46 Sky Racing Racing Team Nicolò Bulega, 16° in 2'13.864. Migno è 19° a 1"9 davanti a Manuel Pagliani, 20° in 2'14.181. Dalla Porta è 23° a 2"4 dalla testa, mentre Bezzecchi e Arbolino chiudono al 26° e 28° posto, con Maria Herrera che completa lo schieramento in 31a posizione.