Sul bagnato di Motegi continua a sventolare alta la bandiera italiana. Nella Moto3, dopo gli exploit delle libere con Bulega, Fenati e Pagliani a dividersi le tre sessioni, nelle qualifiche è ancora l'alfiere dello Sky Racing Team VR46 a stampare il miglior tempo conquistando la pole position, la seconda della sua carriera. 

Bulega è stato costantemente in cima alla lista dei giri veloci, migliorandosi col passare dei minuti e conquistando la pole position nell'ultima tornata disponibile, fermando il cronometro sul 2'09.320. Per il pilota emiliano è la seconda pole position della carriera e l'occasione per centrare la prima vittoria stagionale è ghiotta. Non è solo lui, però, a tenere alta la bandiera italiana sulla pista giapponese poiché alle sue spalle c'è un ritrovato Niccolò Antonelli che finalmente riesce a portare la KTM ufficiale del Team Ajo nelle prime posizioni della griglia. Di fianco al pilota della casa austriaca ci sarà l'unico straniero delle prime sei posizioni, Aron Canet. Lo spagnolo è l'unico che si è dimostrato costante nel passo durante le libere, confermando le ottime cose fatte anche nel turno di prove. 

La seconda fila dello schieramento è tutta italiana. Ad aprirla in quarta posizione c'è la Mahindra di Marco Bezzecchi, che si è visto sfilare la prima fila proprio sotto la bandiera scacchi. Per il pilota del Team CIP resta comunque un grandissimo risultato ed è il miglior risultato in qualifica della sua carriera. Dietro Bezzecchi ci sono due dei piloti più esperti della categoria, Romano Fenati (5°) ed Enea Bastianini (6°). La festa italiana è interrotta da Jorge Martin e Gabriel Rodrigo che aprono la terza fila, ma in nona posizione c'è un ottimo Manuel Pagliani, seguito da Andrea Migno in decima. In grande, grandissima, difficoltà il leader del Mondiale: Joan Mir per la prima volta in stagione non riesce ad essere competitivo. Lo spagnolo del Team Leopard chiude le qualifiche in quattordicesima posizione, ma è la sofferenza mostrata in tutti i turni di prove libere a preoccupare. Motegi potrebbe quindi essere la grande occasione per Fenati e Martin che possono provare a recuperare tanti punti al leader della classifica mondiale.