Dopo che la prima sessione di prove libere del mattino aveva fornito dati poco veritieri a causa dell'asfalto bagnato, le FP2 del primo pomeriggio a Brno sono state decisamente più significative. Tuttavia anche la prima parte del secondo turno era stata condizionata e resa piuttosto noiosa a causa di un asfalto ancora non del tutto asciutto, fattore che aveva invogliato la maggior parte dei piloti a restare ai box in attesa che ci fosse una condizione di full dry. Puntualizzato ciò, ci sono ottime notizie per il tricolore da Brno: Andrea Dovizioso è il più veloce nelle seconde libere, firmando un giro veloce in 1:56.332 e mandando ancora una volta a tutti un chiaro messaggio di presenza all'interno della lotta per il titolo. La prestazione del pilota di Forlì assume ulteriore valore alla luce del fatto che è stato più veloce anche delle Honda, che qui avevano effettuato dei test qualche tempo fa.

La prima delle Yamaha è seconda ed è guidata da un solido Folger, che si arrende a Dovizioso incassando quatro decimi di distacco; ancora una volta la M1 migliore è la 2016 e non la 2017, cosa che da ormai qualche mese genera dubbi nelle menti degli ingegneri giapponesi. L'ottima giornata Ducati è confermata dal terzo crono di Danilo Petrucci, tallonato da Johann Zarco, quarto e distancte 532 millesimi dalla vetta. Un efficace Hector Barbera si prende la quinta piazza provvisoria, precedendo Redding di appena 41 millesimi, ed essendo entrambi alla guida di una Ducati gli uomini di Borgo Panigale stanno alzando le proprie aspettative per il prosieguo del weekend ceco. A sorpresa le Honda appaiono in difficoltà: avendo testato a Brno ci si aspettava che fossero più avanti nella ricerca della messa a punto, ma evidentemente le condizioni sono ben diverse. Il migliore della casa alata è Dani Pedrosa, settimo a sei decimi dalla vetta braccato da Crutchlow e poi da Espargaro, che con la sua Aprilia riesce spesso a far vedere cose notevoli come oggi. Chiude la top ten Marquez, non a suo agio con la moto, anche se per la verità la sua guida sporca e sempre al limite rende difficile capire il livello di bilanciamento della moto.

Fuori dai primi dieci risultano entrambi le Yamaha ufficiali, che incappano nell'ennesimo venerdì nero della stagione. Maverick Vinales è 11°, lamentando problemi di sottosterzo, mentre fa ancora peggio Valentino Rossi, 14°. Merita una menzione a parte Jorge Lorenzo, non per il brutto risultato odierno nelle FP2 (solo quindicesimo), ma perchè sulla sua Desmosedici è stata portata al debutto la nuova carena Ducati, rivoluzionata per riportare i benefici aerodinamici che le ali garantivano fino alla scorsa stagione, salvo poi essere vietate. La carena montata sulla Ducati numero 99 è caratterizzata da un cupolino di dimensione ridotte e dall'inclinazione notevole per avere una migliore gestione dei flussi d'aria, mentre nella parte inferiore si stringe per poi allargarsi nuovamente per la presenza di appendici aerodinamiche. In sintesi, i vantaggi della nuova carena dovrebbero riguardare una migliore capacità di anti-impennamento, elemento sempre importante con le potenti MotoGP di oggi, oltre a garantire un maggior carico sull'anteriore ed una migliore guidabilità nelle curve veloci, che si traduce nella possibilità di tenere il gas maggiormente aperto senza perdere la corda dell curva.