E' Aaron Canet il poleman del Sachsenring per la categoria Moto3. Il pilota spagnolo del Team Estrella Galicia strappa la prima casella dalle mani di Mir proprio all'ultimo secondo, firmando un 1:26.688 che sbaraglia la concorrenza. Il pilota del team Leopard si deve quindi accontentare della seconda casella a 245 millesimi dal connazionale. 

Il turno inizia con l'ottimo tempo di Tony Arbolino che in sella alla Honda del team SIC58 strappa l'1:27.228 che gli vale la pole provvisoria e alla fine del turno il quinto posto in griglia, miglior risultato di sempre per lui e per la squadra di papà Simoncelli. Nicolò Bulega, a venti minuti dalla fine, prova a sparigliare le carte, ma manca il salto sotto il minuto e ventisette. Balzo che poi arriverà sotto la bandiera a scacchi in 1:26.981 che gli vale la terza posizione dello schieramento, l'ultima della prima fila, a soli 48 millesimi da Mir che lo precede. 

Sembra fermarsi tutto a dieci minuti dalla fine quando sul circuito tedesco inizia a cadere qualche goccia, ma fortunatamente il temporale estivo va via come è arrivato, in un lampo, e torna a splendere il sole che asciuga subito il tracciato. Bulega torna immediatamente in pista, ma non si migliora, cosa che invece fa Canet. Lo spagnolo prima si porta in quarta posizione, poi, all'ultimo giro disponibile, distrugge il tempo di Mir che nel frattempo aveva scelto di non scendere in pista. Si difende Fenati che agguanta negli ultimi minuti la sesta posizione e la seconda fila dello schieramento. Segnali di vita anche da Bastianini che ottiene la nona piazza, mentre soffrono Migno e Di Giannantonio, rispettivamente 23esimo e 25esimo. Ricordiamo, infine, che Jorge Martin non prenderà parte al Gran Premio di Germania a causa della brutta caduta che gli procurato una frattura della testa del perone.