Come per tutto il weekend, in Giappone nella Moto3 sventola alto il tricolore italiano. Romano Fenati vince la sua terza gara dell'anno, la seconda sotto il diluvio dopo Misano, battendo Niccolò Antonelli, finalmente nel posto che gli spetta con la KTM ufficiale, ed un sorprendente Marco Bezzecchi, che coglie il primo podio della sua carriera in sella alla Mahindra del Team CIP. Quarto l'idolo di Tatsuki Suzuki, mentre Mir fallisce il primo match point terminando addirittura fuori dai quindici, cogliendo quindi il primo zero in classifica della stagione.
Alla partenza dai blocchi scatta bene Niccolò Antonelli che prende la testa della corsa e la mantiene prima di cedere il passo Fenati, ormai un vero e proprio specialista del bagnato, dopo qualche giro di bagarre. Parte male e finisce peggio Bulega che dopo aver conquistato la pole position non riesce a ripetersi in gara, terminando poi dodicesimo appena davanti al compagno di squadra Migno. La battaglia tra Antonelli e Fenati anima i primi giri della gara, ma una volta che l'ascolano prende la testa della corsa il distacco si dilata e il pilota KTM deve accontentarsi della seconda piazza.
La gara di Motegi se la ricorderà bene Marco Bezzecchi che dopo aver ben figurato in tutte le sessioni di prova, riesce ad ottenere il primo podio della sua carriera con un bel sorpasso a cinque giri dalla fine. Il Team CIP può così festeggiare il primo podio della sua storia, oltre ad un'ottima prestazione che gli ha permesso di sfiorare anche il secondo posto. Non sale sul podio, ma esulta comunque, Tatsuki Suzuki che davanti al suo pubblico porta la SIC 58 Squadra Corse al quarto posto, precedendo Aron Canet.
Un capitolo a parte va fatto per Joan Mir. Il leader del Mondiale ha sofferto lungo l'arco di tutto il fine settimana ed anche oggi non fa eccezione. Lo spagnolo del team Leopard finisce diciassettesimo, fuori dalla zona punti, fallendo così il primo match point per chiudere il campionato. Il suo vantaggio su Fenati resta comunque elevato, cinquantacinque punti, ma l'italiano ha già dimostrato in passato di non regalare niente a nessuno e se Mir vorrà il Mondiale dovrà ritrovare il passo e la costanza mostrata per tutto l'anno.