Un'Atalanta perfetta sotto l'aspetto tattico frena un Napoli meno brillante del solito, facendo bottino pieno al San Paolo e confermandosi come una delle realtà più belle della nostra Serie A. Disputando un primo tempo perfetto, i ragazzi di Gasperini, marcano la prima rete al 29', quando è Caldara a colpire indisturbato di testa sugli sviluppi di un corner. Nella ripresa, nonostante l'uomo in meno, gli Orobici continuano a pressare, trovando il definitivo 0-2 grazie ad un tiro al volo di Caldara. L'Europa League è sempre più vicina, per i terribili bergamaschi. 

Padroni di casa che scendono in campo adottando il 4-3-3: davanti a Pepe Reina, difesa a quattro composta da Hisaj, Albiol, Maksimovic e Ghoulam. Spicca, per i partenopei, l'assenza di Koulibaly. In mediana nessuna sorpresa, con Diawara al centro e le mezz'ali Zielinski ed Hamsik pronte ad inserirsi. In attacco confermato Mertens al centro del tridente, completato da Callejon e Lorenzo Insigne. Nessuna sorpresa, invece, per gli ospiti, con il terzetto Toloi-Caldara-Masiello davanti a Berisha. Freuler e Kessié i centrocampisti orobici, incaricati di impostare e nel contempo di frenare gli attacchi avversari. Sulle fasce Conti e Spinazzola, pronti a servire la prima punta Petagna. Ai lati, come ampiamente visto in questa stagione, Papu Gomez e Kurtic.

Gara subito molto pungente da parte degli ospiti, che già al 5' potrebbero colpire con Conti, che di prima intenzione conclude trovando attento Reina. Appena un minuto dopo è invece il Napoli a scuotersi, quando è Insigne a colpire la traversa con il classico destro a giro che spesso ha colpito in questa stagione. Il forte pressing dell'Atalanta, caratteristica davvero fastidiosa per chi la affronta, rende però davvero difficile la manovra partenopea, che si conferma macchinosa e poco fluida. A conferma di ciò, nella prima fase di frazione è praticamente invisibile Dries Mertens, di fatto isolato rispetto agli altri dieci in magli azzurra. Al 25', rischiando, disimpegna malamente Reina, trovando però impreparato Petagna, che manca di poco il pallone.

E' un'Atalanta che va a fiammate, abile a ripartire velocemente e spesso guizzante, sempre pericolosa dalle parti della difesa del Napoli. Tale atteggiamento positivo viene alla fine ripagato, con gli ospiti abili a passare in vantaggio alla loro seconda evidente occasione. Autore della rete capace di ammutolire il San Paolo, al minuto numero ventotto, Caldara, che sugli sviluppi di un corner e sfruttando un batti e ribatti in area colpisce da due passi e buca Reina, incolpevole nella circostanza considerata. Al 32' ancora Atalanta pericolosa, il tiro di Gomez viene però murato da Maksimovic. Contrariamente a quanto visto in altre occasioni, il Napoli appare spento ed in difficoltà soprattutto in fase di impostazione e nella zona centrale del campo. Poco dopo la mezz'ora ci prova Zielinski, pallone alto. Nella fase finale si registra, finalmente, la reazione partenopea: prima è Mertens a sfiorare il palo al 39', quattro minuti dopo è invece Berisha a compiere un miracolo, dicendo di no ad una punizione del folletto belga e mandando il pallone sulla traversa. 

Secondo tempo che non cambia spartito. A fare la gara è infatti ancora l'Atalanta, già al 46' pericolosissima con Petagna, che da solo si invola in area e tira, trovando la provvidenziale parata di Reina. Grande progressione del bomber ex Milan, che sfrutta un'entrata completamente a vuoto di Maksimovic. Continua, dunque, la fase di confusione del Napoli, sempre molto impreciso al momento di impostare. Cinque minuti dopo il portiere spagnolo Reina, provvidenziale nel primo tempo, dice ancora di no a Conti, che di esterno prova il gol senza trovar fortuna. E' un Napoli imbambolato, sottomesso ad un'Atalanta che, al contrario, fa quel che vuole. L'unico a non volersi arrendere è Insigne, che all'ora di gioco prova un eurogol dalla distanza non preoccupando Berisha. 

Al 61' pericoloso il neo-entrato Milik, subentrato ad Hamsik, con un tiro che viene murato da Conti. Tre minuti dopo è invece Mertens a concludere, sfruttando una bella sponda di Milik ma trovando attento Berisha, che para a terra. Poca cosa, comunque, per impensierire l'Atalanta, bravissima a reggere l'urto e a colpire nel momento di maggiore intensità del Napoli. Quando la gara sembra girata a favore dei partenopei, infatti, gli ospiti mettono a segno la seconda rete, con l'incredibile doppietta un Caldara bravissimo, al 70', a concludere al volo dopo un cross tagliato di Spinazzola, lanciato precedentemente proprio dal difensore di proprietà della Juventus. A nulla vale, dunque, la superiorità numerica dei campani, che non sfruttano l'ingenua espulsione di Kessié al minuto numero sessantasette. 

Cercando di far valere l'uomo in più, il Napoli si proietta in avanti nella parte finale di gara, provando il tiro con Zielinski, che al 72' manda di poco fuori la propria idea. Cinque minuti dopo, sempre proiettandosi in attacco, ha del clamoroso l'errore di Callejon, che da due passi schiaccia troppo mandando fuori un invitante cross propostogli da Ghoulam. La pressione dei ragazzi di Sarri, proiettatisi in avanti, genera una serie importante di azioni, che non trovano però felice conclusione nel gol. Al 78' ancora Mertens pericoloso da posizione defilata, attento però Berisha. Continuando sui binari dell'aggressività, a pochi minuti dalla fine è invece Pavoletti a mancare la zampata, dopo una mischia in area che non trova nel goal la più felice conclusione. Succede poco altro, fino al quarto di recupero, con il Napoli che torna mestamente con i piedi per terra. Migliore in campo per i padroni di casa, Mertens, per gli ospiti in evidenza Caldara.