L'acqua regna sopra Motegi. Nel venerdì del Gran Premio giapponese il meteo non concede tregua e costringe i piloti a completare i due turni di prove libere sul bagnato. A dividerseli sono i primi due piloti della classifica: Marc Marquez dà il buongiorno con un tempo pazzesco, Dovizioso risponde a tono nel secondo turno, dove lo spagnolo è protagonista di un caduta. 

PL1 - Il primo turno di prove libere della MotoGP vede un Marquez scatenato. Lo spagnolo, non curante della copiosa pioggia che cade battente sull'asfalto, segna un incredibile 1:55.418 rifilando un secondo a tutti gli altri. Il primo degli inseguitori risulta essere, a sorpresa, Aleix Espargaro che issa l'Aprilia al secondo posto precedendo il terzetto Ducati, aperto però dallo specialista del bagnato Scott Redding. Dietro al britannico c'è Jorge Lorenzo, protagonista nel finale di un incidente con Cal Crutchlow (7°), mentre Dovizioso paga 1"2 al rivale in campionato. La particolarità di questo turno di libere sono, però, le scelte fatte dai due ducatisti che sono scesi in pista con due vesti aerodinamiche differenti: biplano per il forlivese, triplano per il maiorchino. Più in difficoltà le Yamaha, guidate da Zarco in 8° e Vinales in 9°, mentre Rossi resta fuori dalla top ten, addirittura in fondo allo schieramento con il diciannovesimo tempo. 

PL2 - Nel secondo turno di prove libere, Andrea Dovizioso risponde a tono al rivale in campionato. Il forlivese migliora il tempo fatto segnare da Marquez nel primo turno fermando il cronometro sull'1:54.877 e precedendo proprio lo spagnolo di soli 43 millesimi. Al terzo posto si conferma l'Aprilia di Espargaro, molto competitiva sul bagnato, che precede Jorge Lorenzo, un po' più lento con la carena triplano. Zarco porta la Yamaha in quinta posizione, ma la vera sorpresa è quella di vedere le due Yamaha ufficiali fuori dalla top ten. Vinales precede Rossi in undicesima posizione, ma il distacco dai primi è davvero ampio, un secondo e mezzo, segno che la Casa del Diapason non riesce ancora ad essere competitiva quando l'asfalto si bagna. A loro discolpa, però, va detto che hanno completato il turno di libere con le stesse gomme utilizzate al mattino, a causa della scarsa disponibilità dei treni dati da Michelin. Oltre all'Aprilia ci sono buone notizie anche per la Suzuki: Iannone porta la sua GSX-RR in settima posizione, mentre Rins passa sotto la bandiera a scacchi con il decimo tempo. Da segnalare, infine, l'high-side in curva 4 di cui si è reso protagonista Marc Marquez che, fortunatamente, si è rialzato senza alcun problema.