Si ferma ad Aragon il dominio sudafricano di Brad Binder, Enea Bastianini è infatti l'autore del giro più veloce in qualifica in 1:58:293 e conquista la pole position del Gran Premio di Aragon, è la sua settima in carriera e la terza nel corso dell'anno. Ritrovano la prima fila Jorge Navarro, mai in prima fila dopo Barcellona, e un sorprendente Livio Loi che ci ritorna dopo la gara inaugurale in Qatar. Continuano le sorprese anche nella seconda fila con Rodrigo, Canet ed Oettl che stampano rispettivamente il quarto, quinto e sesto tempo, mentre è solo settimo il dominatore del campionato Brad Binder. Il sudafricano però partirà dalla quinta posizione in virtù delle penalizzazioni che devono scontare Livio Loi e Gabriel Rodrigo, entrambi infatti verranno retrocessi di quattro posizioni sulla griglia di partenza. Nonostante il settimo tempo stampato in qualifica sarebbe un errore non considerare Binder come il favorito naturale della gara. Il sudafricano è sempre rimasto nelle prime posizioni nelle prove libere e quest'oggi si è dovuto accontentare del settimo posto solo a causa di un errore in curva 1, causato dal mega treno che si era formato per sfruttare la sua scia, all'ultimo giro disponibile per fare il tempo.
Sono andate male invece le qualifiche degli altri italiani: il primo dopo Bastianini è Lorenzo Dalla Porta che partirà in dodicesima posizione. Il giovane pilota del Team Sky sta continuando a combattere con un problema alla spalla che gli preclude alcuni movimenti in sella alla moto, ma nonostante questo è riuscito a strappare la miglior qualifica dell'anno. Dietro di lui ci sono Fabio Di Giannantonio e Andrea Migno, più indietro troviamo Andrea Locatelli, sedicesimo, e Nicolò Bulega che non è riuscito a ripetere uno dei tempi segnati nelle prove libere che gli avrebbe regalato quantomeno l'ottava posizione.
Sulle qualifiche dei piloti del Team Sky c'è da fare anche un'analisi della strategia di squadra che sicuramente poteva essere migliore. A venti minuti dal termine delle qualifiche, infatti, la pista era completamente libera e poteva permettere ai tre piloti dell'Academy di creare un ottimo gioco di squadra migliorando di tanto i tempi di tutti, ma Pablo Nieto ha preferito aspettare l'uscita dai box di Brad Binder facendo così trovare tutto il traffico ai propri piloti che, ovviamente, non hanno potuto migliorarsi.
Per quanto riguarda il resto degli italiani, si confermano in difficoltà Niccolò Antonelli e Francesco Bagnaia che fanno segnare rispettivamente il diciannovesimo e il ventunesimo tempo, mentre in fondo alla griglia troviamo Fabio Spiranelli, Stefano Valtulini e Lorenzo Petrarca.